14 Haziran 1869 tarihinde Jandarma Teşkilatının ilk Nizamnamesi olan "asakir-i zaptiye Nizamnamesi”nin yürürlüğe girmesiyle her sancakta olduğu gibi Muğla’da da ilk “Zaptiye Alayı” kurulmuştur.

Cumhuriyet sonrasında gerçekleştirilen mülki teşkilatlanma çalışmaları sonucunda, 20 Nisan 1924 tarihinde yürürlüğe giren Teşkilatı Esasiye Kanunu ile Sancakların kaldırılıp, il, ilçe, nahiye ve köy olarak mülki yapılanmaya geçilmesi üzerine Muğla İl Jandarma Alay Komutanlığı teşkil edilmiştir.

Haziran 1920’ de Denizli’ den Muğla’ya atanan Mutasarrıf Müştak Lütfü Gürsan Bey, Konakaltı Meydanında bulunan ve şu anda (2010) il halk kütüphanesi olarak kullanılan binanın inşaatını haziran 1920’ de başlatmıştır. Muğla İl Jandarma Komutanlığı 1985 yılına kadar Konakaltı Meydanında halen (2010) halk kütüphanesi olan binada faaliyet göstermiş, 25 ocak 1985 yılından itibaren de hali hazır mevcut binasına taşınarak görevine devam etmektedir. İl Jandarma Komutanlığının teşkili ile birlikte, Bodrum, Marmaris, Fethiye, Köyceğiz, 1926 yılında Milas, 1944 yılında Yatağan,  1947 yılında Datça, 1954 yılında Ula,  1983 yılında Dalaman, 1988 yılında Ortaca, 1999 yılında Kavaklıdere, 2013 yılında Seydikemer İlçe Jandarma Komutanlıkları kurulmuştur.

24 Kasım 1992 tarihli genelge ile Muğla İl jandarma Alay Komutanlığının adı Muğla İl Jandarma Komutanlığı olarak değiştirilmiştir.